Cơ quan quản lý sẽ thực hiện cả hai hình thức: kiểm tra hồ sơ chứng từ trước và xuống kiểm tra thực tế hệ thống sau để đảm bảo tính xác thực của dữ liệu EPR.
Đầu tiên, họ sẽ tiến hành đối soát chuỗi chứng từ bao gồm hóa đơn GTGT, biên bản giao nhận phế liệu, và chứng nhận khối lượng đã tái chế được nộp lên hệ thống. Tuy nhiên, để ngăn chặn tình trạng gian lận hoặc mua bán chứng từ khống, đoàn thanh tra liên ngành (gồm Bộ Tài nguyên và Môi trường phối hợp với Cảnh sát môi trường) chắc chắn có quy trình xuống kiểm tra thực tế tại các nhà máy tái chế hoặc mạng lưới thu gom của PRO. Tại thực địa, họ sẽ kiểm tra năng lực máy móc, giấy phép môi trường của nhà máy, đối chiếu cân điện tử, nhật ký vận hành dây chuyền sản xuất và dòng tiền thanh toán để xác minh xem khối lượng phế liệu đó có thực sự được đưa vào tái chế ra sản phẩm mới hay không.
Do đó, nếu đối tác tái chế hoặc tổ chức PRO mà doanh nghiệp lựa chọn làm ăn gian dối hoặc không đủ năng lực xử lý thực tế, hồ sơ của doanh nghiệp vẫn sẽ bị bác bỏ và bị xử phạt theo quy định.