Thủ tục đăng ký bao gồm đơn Đăng ký Sổ chủ nguồn thải chất thải nguy hại theomẫu hướng dẫn tại Phụ lục 1 kèm theo Thông tư số 12/2006/TT-BTNMT ngày 26/12/2006 của Bộ Tài nguyên và Môi trường, nội dung kê khai chi tiết của Đơn đăng ký gồm thông tin chung về chủ nguồn thải, dữ liệu sản xuất, dữ liệu về chất thải, danh sách các cán bộ, nhân viên tham gia quản lý CTNH…
Chủ nguồn thải có thể ký hợp đồng chuyển giao chất thải nguy hại cho một hoặc nhiều đơn vị hành nghề vận chuyển, xử lý và tiêu huỷ chất thải nguy hại đã được cấp phép (giấy phép hành nghề do Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố hoặc Cục Bảo vệ môi trường cấp), và phải đảm bảo đầy đủ các thông tin qui định tại khoản 5, điều 73 của Luật Bảo vệ môi trường 2005: “Hợp đồng chuyển giao trách nhiệm xử lý chất thải nguy hại phải ghi rõ xuất xứ, thành phần, chủng loại, công nghệ xử lý, biện pháp chôn lấp chất thải còn lại sau xử lý”. Việc ghi rõ các thông tin nêu trên thể hiện trực tiếp trong hợp đồng bằng các điều, khoản hoặc bằng phụ lục hợp đồng.
Chủ nguồn thải sau khi được cấp Sổ chủ nguồn thải chất thải nguy hại có trách nhiệm thực hiện chứng từ chất thải nguy hại theo qui định cho mỗi lần chuyển giao thực tế chất thải nguy hại, thực hiện báo cáo định kỳ một năm 02 lần vào tháng 6 và tháng 12 hàng năm gửi về Sở Tài nguyên và Môi trường thành phố.